A região passou pelas mãos de donos sucessivos. Era a terra dos tapes, guaranis, minuanos, guenos, carijós, arachanes, charruas, caaguas e guananás.A ação das bandeiras predadoras devastaram as reduções dos tapes. Após sucessivos combates entre portugueses e espanhóis, e tratados estabelecidos, delimitou-se as fronteiras.
Aqui permaneceram os portugueses, que continuaram a criação de bovinos de corte, atividade que até hoje é predominante no município.
A primeira tentativa de povoamento da região foi feita pelos jesuítas, em 1627, quando o padre Roque Gonzales fundou a redução de Candelária do Ibicuí, que acabou fracassando, e concretizou-se somente no inicio do povoamento em 1809.
Crê-se que a primeira capela foi construída em 1810, tendo como padroeiro São Francisco de Assis.
O município foi palco de dois movimentos revolucionários, em 1893 e 1923. Havia grande número de habitantes contra a permanência do regime imperial, tendo sido muito festejada a Proclamação da República.
Cronologia
1801 - Foi criado o Forte de São Francisco de Assis na sesmaria de Itajuru, à margem esquerda do rio Inhacundá.
1809 - Início do povoamento da sede, em torno do Forte da Capitania do Rio Grande de São Pedro do Sul.
1923 - Revolução de 1923, a "Revolução Libertadora", palco de duros combates entre republicanos e revolucionários. O combate trouxe muitas consequências para a sociedade da época, não só para São Francisco Assis mas para todo o Rio Grande do Sul. Houve uma grande parada econômica devido a falta de mão-de-obra, na época composta quase exclusivamente por homens.
2000 - inicia a primeira FEICASSIS, feira que acontece até hoje, em 2010 aconteceu a 11ª FEICASSIS, a maior que ja aconteceu
