Em 1752 casais de açorianos chegaram ao Rio Grande do Sul, desembarcando no Porto de Dorneles. O município de Capão da Canoa, que hoje faz parte da região do litoral do estado, tem como origem a Sesmaria das Conchas, que pertencia a Inácio José Araujo de Quadros, por volta de 1800.No início era formado por grandes dunas, banhados, mar cristalino, esteiras, matos e capões, ficando a leste o mar e a oeste as lagoas e rios. Na verdade, o nome Capão da Canoa já existia no interior de uma fazenda de propriedade da família Nunes, na extensão da praia de Xangri-Lá (hoje município de Xangri-Lá), com fundos para a Lagoa das Malvas, pois este era quem dava apoio aos visitantes que passavam ou vinham veranear. Com o tempo, este lugar passou a ser conhecido como Capão da Canoa, fazendo com que o velho nome Arroio da Pescaria desaparecesse. Primeiramente, junto a um pequeno povoado surgiu um armazém de secos e molhados; depois, um hotelzinho de madeira com dois quartos.
Capão da Canoa floresceu por volta de 1900 com o nome de Arroio da Pescaria, época em que os primeiros ranchos começaram a se agrupar à beira-mar. O nome originou-se de um pequeno córrego localizado próximo ao mar. O local abrigava, além de pescadores, também alguns aventureiros. Por vezes, o local era visitado por tropeiros, fazendeiros e viajantes.
Mais tarde, por volta de 1920, começaram a chegar os primeiros veranistas oriundos da serra gaúcha e também de Porto Alegre. Os maiores frequentadores eram os descendentes das colônias alemãs e italianas. Por volta de 1940 a colônia israelita também começou a se fazer presente em bom número. O nome de Arroio da Pescaria só começou a desaparecer na década de 1940, quando alguns entendem que surgiu a denominação Capão da Canoa.
Pelo Ato Número 073 de 1 de fevereiro de 1933, Cornélios surgiu como 6° Distrito de Osório, onde estava incluída também a Vila de Capão da Canoa. Em 1952, o 6° Distrito de Osório, Cornélios, foi transferido para Capão da Canoa. A emancipação do município caponense veio trinta anos depois, pela Lei 7.638 de 12 de abril de 1982. A posse do primeiro prefeito foi em 31 de janeiro de 1983. Inicialmente, o município contava com 23 balneários, possuindo trinta quilômetros de orla marítima.
