A ANIMOSIDADE CONTINUA
De Rio Grande, Fernandes Braga embarca para o Rio de Janeiro em 23 de outubro, capital do Império do Brasil. Uma vez na Corte, Braga passa a sua versão da história, bastante diferente da carta enviada por Bento Gonçalves, o que faz o Império decidir-se por combater e esmagar a revolta.
O novo indicado José Araújo Ribeiro, veio acompanhado de um verdadeiro aparato de guerra, com brigues e canhoneiras, armamento e muitos soldados imperiais. Os Farroupilhas gaúchos temiam o mal-entendido, a perseguição, a prisão e a morte exemplar, muito utilizada pelo Império em outras revoltas.
Houve, por isso, alguma demora na Assembléia Provincial a discutir a aceitação ou não do novo indicado, o que ocasionou a assunção de Araújo Ribeiro à Presidência perante a Câmara Municipal de Rio Grande. Daí em diante temos dois governos “legítimos” e simultâneos na Província, situação que perduraria até o final da guerra, em 1845. Como Presidente Imperial da Província, Araújo Ribeiro tratou de recompor seu exército, reunir os oficiais gaúchos contrários aos farroupilhas João da Silva Tavares, Francisco Pedro de Abreu (o “Chico Pedro” ou Moringue), o então major Manuel Marques de Souza, que viria a receber o título de "conde de Porto Alegre", Bento Manuel Ribeiro (que iria trocar de lado na disputa duas vezes), Manuel Luiz Osório (o general Osório, hoje patrono da Cavalaria do Brasil), e mesmo contratar mercenários vindos do Uruguai. Administrativamente mandou fechar a Assembléia Provincial, e destituiu Bento Gonçalves do Comando da Guarda Nacional, nomeação feita por Marciano José Ribeiro, desautorizando-o. Inicia aí a resistência em Rio Grande e a perseguição aos revoltosos.
Em abril de 1836, o comandante-das-armas farroupilhas, João Manuel de Lima e Silva (tio de Luis Alves de Lima e Silva, que viria a ser o Duque de Caxias), prende o Major Manuel Marques de Sousa, que é trazido junto com os demais prisioneiros para o navio-prisão Presiganga. Com a ajuda de um guarda corrupto, são soltos os prisioneiros, e sob o comando de Marques de Sousa, os Imperiais retomam a cidade de Porto Alegre das mãos dos farroupilhas. Era a noite de 15 de junho de 1836.
Dias depois, Bento Gonçalves tentar retomar a capital, é rechaçado, e começa um sítio ao redor da cidade que ficou na história como um dos mais longos sítios militares a uma cidade brasileira. Ao todo 1.283 dias, terminando somente em dezembro de 1840.
Sem o controle da capital e do único porto marítimo da província, os revoltosos estabeleceram quartel-general na cidade de Piratini.
A república Riograndense tinha escasso apoio nas áreas colonizadas pela recente imigração alemã. Esses imigrantes haviam se fixado na desativada Real Feitoria do Linho Cânhamo em colônias cedidas pelo Império, no Vale do Rio dos Sinos, e esboçava incipiente indústria manufatureira. Em Porto Alegre, apesar da simpatia de parte das camadas médias, não recebia o apoio popular, que mobilizava outras cidades da Província de São Pedro do Rio Grande. Inicialmente sua base social era originária de liberais, militares, industriais do charque e, especialmente de estancieiros com capacidade de liderar exércitos particulares de "peões", vaqueiros que lhes prestavam serviços ou deles dependiam para subsistência e defesa e cuja obediência e fidelidade era garantida por traços feudais da cultura local; e por escravos, que no meio rural eram incluídos no convívio social dos peões. Como haviam interfaces com o Uruguai, também eram contratados elementos de lá provenientes. Os exímios cavaleiros forjados nas lides campeiras, chamados "gaúchos" formavam corpos de cavalaria de choque aptos a travar uma guerra de guerrilha. Esses exércitos dispunham de alta mobilidade e conhecimento do terreno, mas sem dispor de infantaria nem adequada artilharia, os Farroupilhas tinham fraca capacidade bélica contra as cidades fortificadas do Rio Grande e Porto Alegre, e pouca capacidade de defesa das praças que controlavam.